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Anmerkungen können als Diskussionsbeiträge zu Dokumenten angesehen werden. Beantworten im Menü Anmerkungen erweitert den kolaborativen Arbeitsraum, indem einem Benutzer erlaubt wird auf eine Anmerkung oder eine Antwort auf eine Anmerkung zu antworten.
Mit dem Befehl Beantworten im Menü Anmerkungen kann man zu einer Anmerkung oder Antwort zu einer Anmerkung eine Antwort erzeugen. Dieser Befehl kann in einer geöffneten Anmerkung oder Antwort zu dieser Anmerkung angewendet werden. Es wird ein neues Antworfenster geöffnet. Die Felder in einem Antworfenster können genau so editiert werden, wie dies unter Eine Anmerkung erzeugen erklärt ist.
Ist die Antwort fertig, kann man diese mit dem Befehl Veröffentlichen aus dem Menü Anmerkungen versenden oder diese mit dem Befehl Speichern aus dem Menü Datei lokal speichern. Um eine Anmerkung zu löschen wird der Befehl Löschen im Menü Anmerkungen benutzt.
Eine Antwort kann, wie jedes andere Dokument auch, ebenfalls mit einer Anmerkung versehen werden, wie dies unter Eine Anmerkung erzeugen erklärt ist.
In der derzeitigen Benutzerschnittstelle werden alle Antworten zu einer Anmerkung am Ende dieser Anmerkung in einem Verlaufsabschnitt (Diskussionsfaden) angezeigt. Zu jedem Eintrag wird das Datum, der Autor und der Titel angezeigt. Der Inhalt kann durch Doppelklick auf den Eintrag angezeigt werden. Der markierte Eintrag wird hervorgehoben und dessen Inhalt in einem Antwortfenster dargestellt. Wird ein weiterer Eintrag markiert, so wird er im gleichen Fenster dargestellt.
Es gibt zu Zeit noch kein Kontrolle darüber zu entscheiden, welche Antworten abgesetzt werden können. In einer idealen Welt sollte es nicht möglich sein eine Antwort auf eine Antwort auf einem Server abzulegen, wenn die vorherige Antwort dort nicht vorhanden ist. Entsprechend sollte, wenn eine Antwort gelöscht wird, auch alle Antworten, welche zu dieser gehören, gelöscht werden. Unterlässt man dies, dann führt das dazu, dass man Fragmente von Verknüpfungen erhält, welche nicht mehr korrekt eingereiht werden können. Beispiel: R1 sei eine Antwort zur Anmerkung A1 und R2 eine Antwort zu R1. Man setzt nun R1 ab und speichert R2 lokal. Browst man jetzt A1 und lädt nur dessen lokale Antworten, so erhält man nur R2. Hier weiß Amaya nicht, dass R2 existiert und nimmt an, dass R2 seinen Vorgänger verloren hat. Diese "Waisenkinder" werden in Amaya mit einem Fragezeichen vor dem Eintrag gekennzeichnet. Findet Amaya später neue Einträge, wenn man beispielsweise R1 herunterlädt, so werden diese im Antwort-Fenster neu einsortiert. In unserem Beispiel wird R2 ein Kind von R1, wie man dies erwarten würde.