In der derzeitigen Version von Amaya werden zwei Arten von Anmerkungen unterstützt: Anmerkungen, welche sich auf das ganze Dokument beziehen und Anmerkungen, welche sich auf eine bestimmte Markierung oder Stelle im Dokument beziehen.
Daraufhin wird der folgende Fenster geöffnet:
Hier werden zunächst nur die Metadaten der Anmerkung angezeigt.
Momentan bestehen die Metadaten aus dem Namen des Autors, dem Titel des Dokuments, dem Typ der Anmerkung, dem Datum der Erzeugung und dem Datum der letzten Änderung. Einige dieser Felder der Metadaten haben spezielle Eigenschaften:
Unterhalb der Metadaten kann der eigentliche Text der Anmerkung eingegeben werden.
Eine Anmerkung wird, wie jedes andere Dokument auch gespeichert: mit Speichern im Menü Datei (oder den entsprechenden Knopf der Knopfleiste oder die entsprechenden Tastenkürzel).
Lokale Anmerkungen werden in das Anmerkungsverzeichnis gespeichert und entfernte Anmerkungen werden an einen Server übergeben und dort gespeichert, falls der Benutzer dort Schreibrechte hat und der Sever dafür konfiguriert ist.
Eine lokal gespeicherte Anmerkung wird mit Veröffentlichen im Menü Anmerkungen an den Server gesendet, der unter Konfigurieren im Menü Anmerkungen festgelegt wurde. Ist die Operation erfolgreich, wird die lokale Anmerkung gelöscht und zukünftiges Speichern bewirkt, dass die Anmerkung direkt an den Server gesendet wird.
Einige Menübefehle, welche im Browserfenster verwendet werden können, stehen auch im Anmerkungsfenster zur Verfügung. Beispielsweise kann der Text einer Anmerkung mit Drucken aus dem Menü Datei gedruckt werden oder der Text der Anmerkung kann mit Aktualisieren aus dem Menü Datei aktualisiert werden.