Amaya kann Anmerkungen im lokalen Dateisystem (auch als "lokale Anmerkung" bezeichnet) oder entfernt auf einen Server, der über das Internet erreicht werden kann (auch als "entfernte Anmerkung" bezeichnet), speichern.
Man kann Anmerkungen auf einem Server speichern, sodass diese von jedem, der die richtigen Zugriffsrechte besitzt, heruntergeladen werden können, genau so, wie das bei anderen HTML-Dokumenten auch der Fall ist.
Entfernte Anmerkungen werden als gemeinsame oder öffentliche Anmerkungen bezeichnet, weil sie von anderen Leuten gesehen werden können. Möchte man einen eigenen Server für Anmerkungen installieren, dann sollte man das Annotation-Server-HOWTO lesen.