Amaya kann Anmerkungen im lokalen Dateisystem (auch als lokale Anmerkung bezeichnet) oder entfernt auf einen Server, der über das Internet erreicht werden kann (auch als entfernte Anmerkung bezeichnet), speichern.
Man braucht keinen Server um lokale Anmerkungen zu erzeugen. Anmerkungen werden unterhalb des Heimatverzeichnisses des Benutzers in einem speziellen Verzeichnis mit dem Namen amaya/annotations gespeichert, und können nur vom Benutzer selbst angezeigt werden. Dieses Verzeichnis enthält drei verschiedene Dateien:
random
:
enthält die Metadaten einer Anmerkung, welche einer gegebenen URI
zugeordnet ist. Die Metadaten werden mit RDF spezifiziert.random
.html:
enhält den Text der Anmerkung im XHTML-Format.random
ist eine
von Amaya erzeugte zufällige Zeichenfolge.
Eine lokale Anmerkung kann zu jeder Zeit in eine entfernte konvertiert werden, indem man Veröffentlichen im Menü Anmerkungen ausführt. Wurde dies erfolgreich bewerkstelligt, dann wird die lokale Anmerkung gelöscht, da sie auf einen Server verschoben wurde.