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Alle Ansichten, außer der Ansicht Quelltext, werden automatisch miteinander synchronisiert. Markiert man in einer Ansicht Zeichenketten oder Elemente, dann werden die anderen Ansichten so verschoben, dass man dort die Markierung sehen kann.
Man kann ein Dokument in jeder Ansicht editieren. Die Änderungen, die man dabei macht sind zunächst nur in dieser Ansicht sichtbar. Klickt man dann auf einen Knopf der Knopfleiste, aktiviert einen Menübefehl oder klickt an irgend eine andere Stelle im Dokument, so werden diese Änderungen auch in den anderen Ansichten dargestellt.
Die Ansicht Quelltext wird nicht automatisch synchronisiert. Hat man eine Reihe von Änderungen vorgenommen, dann muss man im Menü Datei den Befehl Synchronisieren ausführen oder das Tastenkürzel Alt v Alt w benutzen, um die anderen Ansichten des Dokuments zu aktualisieren. Umgekehrt muss man in den den anderen Ansichten ebenfalls diesen Befehl ausführen um die Ansicht des Quelltexts zu synchronisieren.
Synchronisiert man ein Dokument, dann wird von Amaya erneut dessen Syntax geprüft. Hat man in der Ansicht Quelltext einen Fehler in der Auszeichnung gemacht, dann versucht Amaya diesen zu beheben, so gut das eben möglich ist. Man sollte das Dokument in der Browseransicht oder in der Strukturansicht überprüfen, nachdem man in der Quelltextansicht Änderungen vorgenommen hat, um sicherzustellen, dass die Synchronisation das gemacht hat was man erwartet.
Wenn man ein Dokument aus der Browseransicht oder der Quelltextansicht speichert (lokal oder entfernt), dann wird die Synchronisation automatisch ausgefüht. Alle Ansichten geben dann den Status des Dokuments zur Zeit der Speicherung wieder.