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En Amaya puedes crear y editar matrices de la misma manera que editas tablas HTML. Como en las tablas, un comando específico (Eliminar columna de matriz) elimina una columna de una matriz, aunque no esté vacía. Este comando se encuentra al final del menú XML > MathML.
Puedes querer modificar la estructura de una expresión ya existente, como por ejemplo añadir un superíndice o unos paréntesis a un expresión. Para ello, selecciona la expresión y añade la nueva construcción con la paleta, el menú MathML o el teclado. También puedes utilizar el comando de menú Editar > Transformar. Selecciona la expresión que quieres transformar y el comando Transformar mostrará un menú con los cambios posibles.