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Amaya stellt für die Erzeugung und Editon von Matrizen die gleichen Methoden wie bei den HTML-Tabellen zur Verfügung. Ähnlich wie bei den Tabellen löscht der Befehl Matrixpalte entfernen die Spalte einer Matrix, auch dann, wenn diese nicht leer ist. Diesen Befehl findet man im Menü XML, Untermenü Formel an unterster Stelle.
Wenn man die Struktur eines existierenden Ausdrucks ändern möchte, um etwa ein Superscript einzufügen oder ihn in Klammern einzuschließen, muss man den Ausdruck markieren und das neue Konstrukt über die Palette, das Menü XML oder die Tastatur einfügen. Man kann auch Transformieren aus dem Menü Bearbeiten benutzen. Hierbei wird dann eine Liste der möglichen Transformationen angezeigt.