Verweise werden bei vielen Browsern als blauer oder unterstrichener Text gekennzeichnet. In Amaya werden Verweise normalerweise blau und nicht unterstrichen dargestellt. Da Amaya sowohl Editor als auch Browser ist, erhält man unterschiedliche Ergebnisse, je nach dem ob man den Verweis anklickt, doppelt anklickt oder mit der rechten Maustaste anklickt.
Anmerkung: Dieses Verhalten kann im Menü Bearbeiten, Untermenü Einstellungen mit der Option Doppelklick aktiviert Verweis geändert werden. Wird diese Option deaktiviert, dann kann der Verweis mit einem Klick, wie bei den traditionellen Browsern aktiviert werden. Dadurch kann man den Cursor aber nicht mehr auf den Verweis plazieren, um diesen zu editieren.